Supressão de horas extras paga em recolhe tributos de IR e INSS?

Fizemos um acordo com um func. e vamos pagar a supressão dele em 20 vezes. Esse valor vem lançado no contra cheque por orientação da Adm. e também com os descontos de IR e INSS. Fiz algumas pesquisas e sempre me informam que somente o IR é devido. Mas a Adm informa que tem que recolher os 2. E caso eu só pague o IR, como vou lançar no E Social, já que esse vai cobrar o recolhimento dos 2? Detalhe esse func tem 50 anos de casa e já se aposentou. Obrigada