Adicional de substituição

Possuímos um funcionário zelador que tem um contrato de 44h semanais , porém há muito tempo, sem justificativa, ele faz apenas 42h.Trabalha no seguinte horário:

De seg à sab - Das 07 às 09h na portaria , substituindo o porteiro que tem um horário de trabalho inicial às 09h. As 09 às 12h nas funcoes de zeladoria, Às 12h ele volta para a portaria para cobrir o almoço do porteiro até às 13h. Das 13h às 15h o zelador vai pro seu horário de almoço. Das 15 às 16h zeladoria , finalizando seu dia às 16h. Pelas 3h na portaria, substituindo o porteiro, ela recebe um adicional de substituição. Essa permanência do zelador na portaria durante alguns anos, caracteriza-se desvio de função? Uma vez recebendo esse adicional, se quisermos tirá-la dessas atribuições da portaria, esse adicional já estará incorporado ao seu salário? Poderei fazer isso legalmente ?

E em relação ao horário de descanso, ela poderá aos sábados, pra cumprir as 2h restantes, tirar apenas 1h de almoço, e largar às 17h ?