Como dar baixa no CNPJ filial e criar um CNPJ independente?

Condomínio possui 8 torres distribuídas em 3 subcondomínios e possui 1 CNPJ matriz e 3 CNPJ's filiais. O Síndico de um dos subcondomínios junto com sua administradora esta com problemas em gerar folha de pagamento, emitir CND's, com o E-Social e muito mais devido ao CNPJ ser filial pois pra todos esses casos são utilizados o CNPJ da Matriz. Na convenção alega que cada subcondomínio deve ter características próprias e autonomia administrativa independente. Pelo que entendo e pelo que esta escrito na convenção cada subcondomínio deve ter CNPJ distintos e não filiais. 1 - Como dar baixa no CNPJ filial e criar um CNPJ independente? 2 - Qual documentação é necessária? É necessário uma ATA para isso? Desde já fico agradecido com ajuda.