Como pagar PIS atrasado?

Assumi um pequeno condomínio que tem um único funcionário. Ele trabalha 4 horas diárias e ganha proporcionalmente. O Condomínio está com 3 anos em atraso com o PIS deste funcionário. Posso pagar diretamente a ele mediante acordo extrajudicial? Outra questão. O PIS é calculado sobre o Piso Salarial da categoria ou sobre o proporcional recebido?