Fornecedor emite nota fiscal, mas comprova o recebimento através de recibo comum

O meu Conselho não está aceitado o comprovante de recebimento do pagamento dado pela Empresa, embora este esteja acompanhado da nota fiscal, alegam que este pagamento deve ser feito por meio eletrônico, tipo boleto bancário, mesmo esta empresa ter apresentado a nota fiscal dos serviços executados. Eu entendo que ao emitir a nota fiscal juntamente com um comprovante de recebimento do pagamento seja de qualquer tipo , é válido, o que não pode é ser feito um pagamento sem a nota fiscal. Estou correto, Desde já agradeço a ajuda.