Hora extra de Funcionário que não bate o ponto - somente assina é legal ?

Precisamos suprimir as horas extras de um funcionário que trabalha conosco desde 1991. Porém ele é o único funcionário (zelador) e sua marcação é realizada assinando folha ponto. Se ño condomínio não existe o relógio ponto pode ser considerado legal as "horas extras" realizadas por ele?