Mudança da destinação do edifício de flat para residencial

Gostaria de saber de detalhes em como proceder para essa mudança, tendo em vista que no Habite-se consta como FLAT, porém o prédio não tem a estrutura de FLAT, tanto que alguns apartamentos pagam IPTU como residencial e outros como FLAT. Devo entrar com uma ação judicial para isso? Contra quem?