PAGAMENTO DE CONTRATO COM CNPJ DIFERENTE

Boa noite Fiz a seguinte pergunta: Temos uma empresa de segurança com contrato com o condomínio. Acontece que esta empresa possui seu próprio CNPJ No entanto, ao verificar as pastas, pude observar que ela está emitindo nota fiscal de uma segunda empresa que também é dela (consta até o logotipo da primeira empresa nesta nota fiscal) Pergunta: posso barrar este pagamento? (sou conselheiro fiscal) OBS.: A PRIMEIRA EMPRESA TEM CNPJ e I.E., a SEGUNDA NÃO POSSUI INSCRIÇÃO ESTADUAL. Qual o procedimento neste caso? Grato