Pagamento a menor.

Quando vou pagar o meu condomínio que as vezes passa dá data, entro no site do Itaú e faço a atualização do boleto, no qual já vem cobrado a multa e juros estipuladas, faço o pagamento total do boleto, quando é no mês seguinte está lá no condomínio pagamento a menor, é correto isso, pois o banco já atualizou o pagamento, então estou pagando 2 vezes?