Posso alterar a planta (já aprovada) de um imóvel localizado dentro de um condominio?

Eu comprei um lote em um condominio. Este lote já tinha uma planta de casa aprovada na prefeitura. Eu não estava contente com o modelo e contratei um arquiteto para alterá-la e assim foi feito. Eu entrei com o pedido de aprovação da nova planta na prefeitura e ela foi aprovada e o alvará de construção já foi liberado. Depois que construir a casa, eu posso encontrar problemas com o habite-se expedido pela prefeitura ou com outra coisa? Ou como o projeto já foi aprovado pela prefeitura está tudo correto?