Retenção de impostos - CNPJ que deve constar nas guias

Prezados colegas, recentemente contratei uma empresa para prestação de serviço de conservação e limpeza e para minha surpresa todas as guias referente as retenções de tributos da NF, a serem pagas pelo tomador do serviço (no caso o condomínio) constavam com o CNPJ do condomínio, e não da empresa de conservação, exceto a GPS que sempre vem no CNPJ da prestadora. Minha dúvida é porque outra empresa que presta serviço para o condomínio, de vigilância e segurança, e a qual já tinha contrato a mais de um ano, sempre emitiu todas as guias no CNPJ da prestadora. Com isso surgiu a dúvida sobre qual das duas estão corretas, ou se as duas estão corretas. Darf de (IRPJ, PIS, CSLL, COFINS) e também a de ISS (que é estadual) devem constar que CNPJ, do tomador do serviço ou do prestador?