Supressão de hora-extra

Temos um funcionário no condomínio que é vigia noturno. O horário de trabalho dele é de 22h as 04h. A antiga administradora, não sei porquê, pagava 15min de hora-extra referente ao intervalo Intrajornada por dia de trabalho, totalizando uma média de 6h30min por mês de hora-extra. Não entendi o porquê do pagamento desta hora-extra, já que o funcionário deveria tirar seu intervalo intrajornada no local de trabalho. Estas horas já são pagas há mais de 2 anos ao funcionário. Gostaria de saber se alterássemos o horário de trabalho deste vigia noturno para 22h as 06 (7h de trabalho noturno +1 hora de intervalo), pagando o mesmo salário (piso do vigia noturno segunda a convenção do sindicato atualizada), estaríamos corretos e gostaria de saber também se o que está vigorando nestes casos de supressão de hora-extra, é a incorporação do valor médio de horas-extras ao salário ou o pagamento de indenização. Obrigado!