Vaga de garagem com matrículas distintas mas mesmo número de contribuinte.

Estou comprando um apartamento onde a vaga de garagem e imóvel estão em matrículas separadas, porem com o mesmo num. de contribuinte. O Cartório retornou a documento pedindo a guia de pagamento de ITBI para a matrícula da vaga, porem ao tentar emitir o ITBI sai com o mesmo valor do apartamento. Eu devo pagar 2 vezes o ITBI? Obrigado